質素保證處於協助聖方濟各大學發展品質教育策略目標佔有重要角色，除提供質素教育，還設立有效培植持續改進及提升質素的健全系統。質素保證處由協理總監帶領，向副校長（學術及質素保證）和協理副校長（質素保證）報告。